توضیحاتی در مورد کتاب Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor
نام کتاب : Bioinformatics and Computational Biology Solutions Using R and Bioconductor
ویرایش : 1
عنوان ترجمه شده به فارسی : بیوانفورماتیک و راه حل های زیست شناسی محاسباتی با استفاده از R و Bioconductor
سری : Statistics for biology and health
نویسندگان : Robert Gentleman, Vincent Carey, Wolfgang Huber, Rafael Irizarry, Sandrine Dudoit
ناشر : Springer Science+Business Media
سال نشر : 2005
تعداد صفحات : 492
ISBN (شابک) : 0387251464 , 9780387293622
زبان کتاب : English
فرمت کتاب : pdf
حجم کتاب : 18 مگابایت
بعد از تکمیل فرایند پرداخت لینک دانلود کتاب ارائه خواهد شد. درصورت ثبت نام و ورود به حساب کاربری خود قادر خواهید بود لیست کتاب های خریداری شده را مشاهده فرمایید.
توضیحاتی در مورد کتاب :
Bioconductor یک پروژه نرم افزاری منبع باز و توسعه باز پرکاربرد برای تجزیه و تحلیل و درک داده های ناشی از آزمایش های با توان بالا در ژنومیک و زیست شناسی مولکولی است. Bioconductor ریشه در محیط محاسبات آماری منبع باز R دارد.
این پوشش وسیع است و در بسیاری از قابلیتهای کلیدی پروژه Bioconductor، از جمله وارد کردن و پیش پردازش دادههای با توان بالا از ریزآرایه، پروتئومی و فلوسیتومتری است. پلتفرمها:
بررسی و تحویل ابردادههای بیولوژیکی برای استفاده در مدلسازی و تفسیر آماری
تجزیه و تحلیل آماری دادههای پرتوان، از جمله یادگیری ماشینی و تجسم
مدلسازی و تجسم نمودارها و شبکهها
توسعهدهندگان این نرم افزار که در بسیاری از موارد محققین دانشگاهی پیشرو هستند، فصل هایی را به طور مشترک تالیف کردند. همه روشها با دادههای در دسترس عموم نشان داده شدهاند و بخش عمدهای از کتاب به نمایش مطالعات موردی کاملاً کار شده اختصاص داده شده است.
این کتاب بیش از مجموعهای ثابت از متن توصیفی، شکلها و نمونههای کد است که توسط آن اجرا شده است. نویسندگان برای تولید متن آن یک سند پویا است. کد زیر همه محاسباتی که نشان داده شده است در یک وب سایت همراه در دسترس است و خوانندگان می توانند هر عدد، شکل و جدول را در رایانه خود بازتولید کنند.
فهرست مطالب :
Preprocessing Overview....Pages 3-12
Preprocessing High-density Oligonucleotide Arrays....Pages 13-32
Quality Assessment of Affymetrix GeneChip Data....Pages 33-47
Preprocessing Two-Color Spotted Arrays....Pages 49-69
Cell-Based Assays....Pages 71-90
SELDI-TOF Mass Spectrometry Protein Data....Pages 91-109
Meta-data Resources and Tools in Bioconductor....Pages 113-133
Querying On-line Resources....Pages 135-146
Interactive Outputs....Pages 147-160
Visualizing Data....Pages 161-179
Analysis Overview....Pages 183-187
Distance Measures in DNA Microarray Data Analysis....Pages 189-208
Cluster Analysis of Genomic Data....Pages 209-228
Analysis of Differential Gene Expression Studies....Pages 229-248
Multiple Testing Procedures: the multtest Package and Applications to Genomics....Pages 249-271
Machine Learning Concepts and Tools for Statistical Genomics....Pages 273-292
Ensemble Methods of Computational Inference....Pages 293-311
Browser-based Affymetrix Analysis and Annotation....Pages 313-326
Introduction and Motivating Examples....Pages 329-336
Graphs....Pages 337-346
Bioconductor Software for Graphs....Pages 347-368
Case Studies Using Graphs on Biological Data....Pages 369-394
limma: Linear Models for Microarray Data....Pages 397-420
Classification with Gene Expression Data....Pages 421-430
From CEL Files to Annotated Lists of Interesting Genes....Pages 431-442
توضیحاتی در مورد کتاب به زبان اصلی :
Bioconductor is a widely used open source and open development software project for the analysis and comprehension of data arising from high-throughput experimentation in genomics and molecular biology. Bioconductor is rooted in the open source statistical computing environment R.
This volumes coverage is broad and ranges across most of the key capabilities of the Bioconductor project, including importation and preprocessing of high-throughput data from microarray, proteomic, and flow cytometry platforms:
Curation and delivery of biological metadata for use in statistical modeling and interpretation
Statistical analysis of high-throughput data, including machine learning and visualization
Modeling and visualization of graphs and networks
The developers of the software, who are in many cases leading academic researchers, jointly authored chapters. All methods are illustrated with publicly available data, and a major section of the book is devoted to exposition of fully worked case studies.
This book is more than a static collection of descriptive text, figures, and code examples that were run by the authors to produce the text it is a dynamic document. Code underlying all of the computations that are shown is made available on a companion website, and readers can reproduce every number, figure, and table on their own computers.