توضیحاتی در مورد کتاب :
این کتاب اولین کتابی است که به جنبه های عملی این روش جدید می پردازد. این یک نمای کلی از این زمینه ارائه می دهد و از ملاحظات کلی به سناریوهای زندگی واقعی در تحقیقات کشف دارو پیشرفت می کند.
با یک مرور کلی تاریخی مقدماتی، نویسندگان به بحث در مورد رویکردهای مبتنی بر لیگاند، از جمله فارماکوفورهای سه بعدی و QSAR 4 بعدی، ادامه میدهند. همچنین مفهوم و کاربرد شبه گیرنده ها. بخش بعدی در مورد رویکردهای مبتنی بر ساختار شامل فارمکوفورها از کمپلکس های لیگاند-پروتئین، FLIP و برهمکنش های اتصال پروتئین-لیگاند سه بعدی است. کل با یک بخش کامل به برنامهها و مثالها، از جمله مدلسازی ویژگیهای ADME، گرد میشود.
این کتاب با ارزیابی انتقادی خود از استراتژی های مبتنی بر فارماکوفور، کمک ارزشمندی برای رهبران پروژه و تصمیم گیرندگان در حوزه داروسازی است. صنعت، و همچنین داروشناسان، و داروسازان و شیمیدانان.
مطالب:
فصل 1 فارماکوفورها: دیدگاه تاریخی و دیدگاه یک شیمیدان دارویی (صفحات 1-13): Camille G. Wermuth
فصل 2 ابزارهای نرم افزار تولید مدل فارماکوفور (صفحات 15-47): کنستانتین Poptodorov، Tien Luu و Remy D. Hoffmann
تراز فصل 3؟ الگوهای فارماکوفور آزاد - یک همبستگی؟ رویکرد برداری (صفحه های 49-79): استفن رنر، اولی فچنر و گیسبرت اشنایدر
در فصل 4 نظریه و درختان ویژگی: برنامه های کاربردی از غربالگری مجازی در مقیاس بزرگ تا تجزیه و تحلیل داده ها (صفحه های 81-116): ماتیاس ریری، سالی هیندل، پاتریک ماآ؟، گونتر متز، کریستین رامی و مارک زیمرمن
فصل 5 مفهوم و کاربردهای شبه گیرنده ها (صفحه های 130-117) ): Klaus?Jurgen Schleifer
فصل 6 فارماکوفورها از مجتمع های ماکرومولکولی با LigandScout (صفحات 131-150): گرهارد ولبر و رابرت کوسارا
فصل 7 مدل های فارماکوفور مبتنی بر GRID: مفهوم و مثال های کاربردی 710- صفحه : فرانچسکو اورتوسو، استفانو آلکارو و تیری لانگر
فصل 8 "نقطه داغ" تجزیه و تحلیل سایت های اتصال پروتئین به عنوان پیش نیازی برای غربالگری مجازی مبتنی بر ساختار و بهینه سازی سرنخ (صفحات 171-192): روث برنک و گرهارد کیل > فصل 9 کاربرد اثر انگشت فارماکوفور در ساختار؟ طراحی مبتنی بر طراحی و داده کاوی (صفحات 193-206): پرابها کارناچی و آمیت کولکارنی
فصل 10 SIFt: تجزیه و تحلیل، سازماندهی و استخراج پایگاه داده برای مجتمع های بازدارنده پروتئین. کاربرد در مهارکنندههای پروتئین کیناز (صفحههای 207-222): جوسویندر سینگ، ژان دنگ و کلودیو چواکی
فصل 11 کاربرد ساختار؟ روشهای همترازی مبتنی بر آنالیزهای 3 بعدی QSAR (صفحههای 223-249 SipplChappl) کاربرد مدل های فارماکوفور در شیمی دارویی (صفحات 251-282): فابریزیو مانتی، ماوریزیو بوتا و آندریا تافی
فصل 13 GPCR ضد؟ توماس کلابوند
فصل 14 فارماکوفورها برای پروتئین های مرتبط با ADME/Tox انسان (صفحه های 299-324): چنگ چانگ و شان اکینس
فصل 15 آیا مطمئن هستید که مدل خوبی دارید؟ (صفحات 325-364): نیکلاس تریبالو، هوگ؟ اولیویه برتراند و فرانسین آچر
توضیحاتی در مورد کتاب به زبان اصلی :
This handbook is the first to address the practical aspects of this novel method. It provides a complete overview of the field and progresses from general considerations to real life scenarios in drug discovery research.
Starting with an introductory historical overview, the authors move on to discuss ligand-based approaches, including 3D pharmacophores and 4D QSAR, as well as the concept and application of pseudoreceptors. The next section on structure-based approaches includes pharmcophores from ligand-protein complexes, FLIP and 3D protein-ligand binding interactions. The whole is rounded off with a complete section devoted to applications and examples, including modeling of ADME properties.
With its critical evaluation of pharmacophore-based strategies, this book represents a valuable aid for project leaders and decision-makers in the pharmaceutical industry, as well as pharmacologists, and medicinal and chemists.
Content:
Chapter 1 Pharmacophores: Historical Perspective and Viewpoint from a Medicinal Chemist (pages 1–13): Camille G. Wermuth
Chapter 2 Pharmacophore Model Generation Software Tools (pages 15–47): Konstantin Poptodorov, Tien Luu and Remy D. Hoffmann
Chapter 3 Alignment?Free Pharmacophore Patterns – A Correlation?Vector Approach (pages 49–79): Steffen Renner, Uli Fechner and Gisbert Schneider
Chapter 4 Feature Trees: Theory and Applications from Large?scale Virtual Screening to Data Analysis (pages 81–116): Matthias Rarey, Sally Hindle, Patrick Maa?, Gunther Metz, Christian Rummey and Marc Zimmermann
Chapter 5 Concept and Applications of Pseudoreceptors (pages 117–130): Klaus?Jurgen Schleifer
Chapter 6 Pharmacophores from Macromolecular Complexes with LigandScout (pages 131–150): Gerhard Wolber and Robert Kosara
Chapter 7 GRID?based Pharmacophore Models: Concept and Application Examples (pages 151–170): Francesco Ortuso, Stefano Alcaro and Thierry Langer
Chapter 8 “Hot Spot” Analysis of Protein?binding Sites as a Prerequisite for Structure?based Virtual Screening and Lead Optimization (pages 171–192): Ruth Brenk and Gerhard Klebe
Chapter 9 Application of Pharmacophore Fingerprints to Structure?Based Design and Data Mining (pages 193–206): Prabha Karnachi and Amit Kulkarni
Chapter 10 SIFt: Analysis, Organization and Database Mining for Protein?Inhibitor Complexes. Application to Protein Kinase Inhibitors (pages 207–222): Juswinder Singh, Zhan Deng and Claudio Chuaqui
Chapter 11 Application of Structure?Based Alignment Methods for 3D QSAR Analyses (pages 223–249): Wolfgang Sippl
Chapter 12 Application of Pharmacophore Models in Medicinal Chemistry (pages 251–282): Fabrizio Manetti, Maurizio Botta and Andrea Tafi
Chapter 13 GPCR Anti?Target Modeling: Pharmacophore Models to Avoid GPCR?Mediated Side?Effects (pages 283–297): Thomas Klabunde
Chapter 14 Pharmacophores for Human ADME/Tox?Related Proteins (pages 299–324): Cheng Chang and Sean Ekins
Chapter 15 Are You Sure You Have a Good Model? (pages 325–364): Nicolas Triballeau, Hugues?Olivier Bertrand and Francine Acher